为进一步转变政府职能，提高行政效能，优化投资发展环境，2012年3月16日，武汉市印发《关于行政审批职能和机构归并改革工作的实施意见》，全面部署开展行政审批职能和机构归并改革工作，按照“综合设置、分工合理、权责一致、协调统一”的要求，归并审批职能，整合实施机构，相对集中行政审批权。整个归并改革工作从3月中旬开始启动，截至5月底已基本完成归并调整工作。
这次改革遵循三项基本原则：一是坚持依法归并原则。依照《中华人民共和国行政许可法》关于集中受理、送达行政许可的规定和《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》关于综合设置、分工合理、权责一致、协调统一的规定，依法对审批职能、机构进行归并。二是坚持精简统一效能原则。以节约行政成本、提升行政效能为宗旨，归并审批职能，整合实施机构。职能、机构归并改革工作，在各单位现有内设机构限额内，通过撤一建一、并一建一或更名等方式进行，人员编制实行内部调剂，原则上不增加领导职数。三是坚持因地制宜原则。结合市直各单位“三定”方案和保留的审批事项、审批工作量，确定审批职能、机构归并的内容和方式，不搞“一刀切”。
改革的主要内容体现在两个方面：一是实施审批机构归并。保留有行政审批事项的市直单位，原则上设立行政审批机构。设立行政审批机构，可以单独设立，也可以挂牌设立。对于市直单位部分审批业务复杂、专业性强，需要通过现场勘查、单位内部会审等流程的行政审批事项，可暂按现行运行模式进行过渡（过渡期不超过3年），过渡期间，由行政审批机构统一受理、送达行政审批申请和决定，并着力探索集中统一审批的方式，逐步实现标准化审批，从而达到归并到一个机构审批的目标。市直各单位垂直管理的区级派出机构，组建专司行政审批的科（室）。各单位设立的行政审批机构，应配备专职或兼职工作人员。二是实施审批职能归并。市直单位设立的行政审批机构，负责本单位行政审批制度改革、行政审批业务办理、行政审批事务综合协调等职能。其他处（室）原则上不再承担行政审批职能，由过去侧重行政审批转为负责对审批后的跟踪管理，与省主管部门职能处（室）衔接和对审批机构的业务指导以及制定规划、调查研究、拟定政策措施、加强监督检查等。对于法律、法规授权实施行政许可的事业单位和由主管部门委托实施非行政许可审批的事业单位，仍行使许可职能，但需抽调工作人员进入主管部门设立的审批机构，人员编制性质和隶属关系不变，实行统一管理；对于主管部门自行委托实施行政许可的事业单位，其行使的行政许可事项，原则上由审批主管部门统一收回，纳入职能归并的范围。
经过努力，武汉市行政审批职能和机构归并改革工作取得了积极成果，初步实现了审批环节的简约化、审批流程的标准化、审批手续的便捷化、审批过程的快速化，使服务对象“进一个门、到一个窗口”就能办完所有事项。
一是审批机构大幅减少。市直具有行政审批职能的39个单位中，34个单位实现了审批职能和机构的完全归并，占总数的87.2%，5个单位实行部分归并，占总数的12.8%。承担行政审批职能的内设机构由121个调整为39个，减少了67.8%；承担行政审批职能的二级事业单位，由17个减为14个，减少了17.6%；由主管部门自行委托事业单位行使审批职能的问题得到根本解决，其行使的行政许可事项由审批主管部门统一收回。
二是机构编制“零增长”。与改革前比较，涉及的39个市直单位的内设机构和人员编制均没有新增，审批职能的归并和审批机构的综合设置，都是通过内部整合，采取撤一建一、并一建一或机构更名等方式实现的。
三是工作标准更加优化。与标杆城市相比，从机构设置看，武汉市在38个市直单位设立了行政审批处，基本实现了全覆盖；而长春市设立了32个，未设的7个。从领导职数看，改革中，武汉市共增加了副处级领导职数5名，同时减少了副调研员职数3名；而长春市增加了正处级领导职数15名、副处级领导职数17名。
四是管理理念得到更新。过去，武汉市的一些市直单位往往是依审批职能来设置内设机构，工作人员习惯于靠审批进行管理，目前这种情况正在发生变化。各单位的内设机构不再以审批和管制为中心，而是把主要精力放在规划制定、决策研究、政策拟定以及审批后的跟踪管理上，重审批轻监管、重权力轻责任、重利益轻服务的陈旧管理理念被摒弃，科学施政、民主施政、依法施政的意识不断增强，为深化行政管理体制改革打下了坚实基础。
